Το ανδρικό τμήμα βόλεϊ ιδρύθηκε 2-3 χρόνια μετά την ίδρυση του συλλόγου το 1924  το 1928 Η ΑΕΚ αγωνίστηκε μέχρι και το Πανελλήνιο πρωτάθλημα του 1938 αλλά μέσα στη δίνη του Β΄ παγκοσμίου πολέμου η αθλητική ζωή καταρρέει και το τμήμα αναστέλλει τη λειτουργία του.

Η πρώτη προσπάθεια επανασύστασης του γίνεται στις αρχές της δεκαετίας του 1960 αλλά χωρίς θεαματικά αποτελέσματα και το τμήμα πέφτει πάλι στην αδράνεια.

Η τρίτη προσπάθεια επαναλειτουργίας γίνεται το 1982 και στέφεται με επιτυχία καθώς από τότε το τμήμα λειτουργεί ανελλιπώς.

Η πρώτη μεγάλη επιτυχία έρχεται με την άνοδο της ομάδας στην Α2 ανδρών τη σεζόν 1992-93 και την επομένη σεζόν (1993-94) κατακτά το πρωτάθλημα στην Α2 και ανεβαίνει για πρώτη φορά στην Α1 ανδρών.

Στην πρώτη της παρουσία στην Α1 ανδρών (1994-95) προπονητής είναι ο Στόγιαν Γκούντσεφ με παίκτες τους Ντεβεντούδη, Μάκη Δημητριάδη, Πλάμεν Κριστόφ, Θεόδωρο Ανδρεάδη, Τσιακμάκη, Αρσενιάδη, Οικονομόπουλο, Ραμμέα, Κλήμο, Τερζάκη, Τεντζέρη και Μπούντα.

Τη σεζόν 2013-14 η ΑΕΚ θα αγωνιστεί για 12η φορά στην Α1 ανδρών.

Μέχρι και την ολοκλήρωση της περιόδου 2012-13 η ΑΕΚ έχει καταγράψει 6 ανόδους στην Α1 και 5 υποβιβασμούς που είναι ρεκόρ στην κατηγορία.

Στο Κύπελλο Ελλάδας κορυφαία στιγμή ήταν η παρουσία στον τελικό του 1999 στη Δράμα με αντίπαλο τον Ολυμπιακό. Η ΑΕΚ ηττήθηκε 3-1 έχοντας παίκτες τους Γκουντίμα, Αγγελίδη, Φάκα, Κωνσταντινίδη, Μουσένκο, Πανούσο (βασικοί), Αδάμ, Κλήμο, Χατζηπροδρόμου, Μπασούκα, Κυριακάκη και Μπουγά ο οποίος δεν αγωνίστηκε. Προπονητής ήταν ο Παναγιώτης Τσιακμάκης.

Χρονιά ορόσημο για την ομάδα ήταν η σεζόν 1999-00 όπου η ομάδα αγωνίστηκε για πρώτη και για τελευταία φορά αγωνίστηκε στα Ευρωπαϊκά Κύπελλα φτάνοντας μάλιστα μέχρι το φάιναλ-4 του Κυπέλλου Κυπελλούχων που έγινε στο κλειστό γυμναστήριο των Άνω Λιοσίων.

Στον ημιτελικό η ΑΕΚ ηττήθηκε από την ιταλική Κούνεο 3-1 (25-22, 20-25, 25-22, 25-18), αλλά στο μικρό τελικό επικράτησε της τουρκικής Γαλατά Σαράι με 3-0 (25-19, 25-20, 25-21) και κατέκτησε την 3η θέση.

Παίκτες εκείνης της ομάδας ήταν οι Ζακυνθινός, Ανδρεόπουλος, Χατζηαντωνίου, Πλίκας, Αθανασιάδης, Γιούρι Φιλίποφ, Αδάμ, Αγγελίδης, Αμαξόπουλος, Πανούσος, Μέστερ και Κλήμος με προπονητή τον Στέλιο Προσαλίκα.