Η ομάδα ξεκίνησε την λειτουργία της το 2000-2001, όταν και εξαγοράστηκε η ομάδα της Καλογρέζας. Για πολλά χρόνια βρισκόταν συνεχώς στο μεταίχμιο της Α1 και της Α2. Όσες χρονιές κατάφερε να ανέβει στην πρώτη κατηγορία, την επόμενη χρονιά ξαναέπεφτε στην Α2. Στο τιμόνι του τμήματος μπαίνουν (εντελώς τυχαία, γιατί κανείς δεν ήθελε να ασχοληθεί με το συγκεκριμένο τμήμα) οι Κώστας Παπαδημητρίου και Θανάσης Μιχαήλ. Η τύχη τελικά ευνόησε το τμήμα, γιατί οι Παπαδημητρίου και Μιχαήλ το μόνο που είχαν στο μυαλό τους ήταν μια Α.Ε.Κ. πρωταθλήτρια Ελλάδος. Το 2009 στην Α2 με την ομάδα να τερματίζει τρίτη και να μην ανεβαίνει. Την επόμενη χρονιά τα λάθη γίναν μάθημα και η ομάδα ανέβηκε με το απόλυτο των νικών στην μεγάλη κατηγορία.  Πρώτη χρονιά στην Α1 και από το ρόστερ καταλάβαινε κανείς οτι η Α.Ε.Κ ήρθε για να πρωταγωνιστήσει, αφού στην ομάδα ήρθαν αθλήτριες υψηλού επιπέδου. Έτσι κι έγινε. Η ομάδα τερμάτισε στην τρίτη θέση, κερδίζοντας το ευρωπαϊκό εισιτήριο για το CEV cup. 
Και φτάνουμε στη σεζόν 2011-2012. Η Α.Ε.Κ κατακτά αήτητη το πρωτάθλημα, κάνοντας μάλιστα και ρεκόρ, χάνοντας μόνο τέσσερα σετ σε ολόκληρη τη χρονιά. Ένα ακόμα στοιχείο της δυναμικής που είχε η ομάδα είναι ότι ο τίτλος κατακτήθηκε μαθηματικά με νίκη μέσα στην έδρα του Παναθηναϊκού, που μέχρι τότε ήταν πρωταθλητής για επτά συνεχόμενα χρόνια. Την ίδια σεζόν, η ομάδα φτάνει στους 8 του CEV cup.
Το 2012-2013, στον πρώτο αγώνα της χρονιάς η ομαδα αντιμετωπίζει τον κυπελλούχο Ολυμπιακό για το super cup και το κατακτά, κερδίζοντας τον στον τελικο της Ελασσόνας με 3-1. Το 2023 κατακτά το Κύπελλο Ελλάδας κερδίζοντας τον Παο με 3-1.